Το Μάιο του 1992, οι κυβερνήσεις των κρατών της Ευρωπαϊκής Ένωσης υιοθέτησαν νομοθεσία σχεδιασμένη να προστατεύει τους πιο έντονα απειλούμενους οικότοπους και είδη της Ευρώπης. Αυτό το νομοθέτημα ονομάζεται Οδηγία για τους Οικοτόπους 92/43/ΕΟΚ, και συμπληρώνει την Οδηγία για τα Πτηνά 79/409/EΟΚ, που υιοθετήθηκε το 1979. Αυτές οι δύο οδηγίες είναι η βάση για τη δημιουργία του δικτύου προστατευόμενων περιοχών Natura 2000.
Η Οδηγία για τα Πτηνά απαιτεί την εγκαθίδρυση Ζωνών Ειδικής Προστασίας για τα Πτηνά (ΖΕΠ). Η οδηγία για τους Οικοτόπους, αντίστοιχα, απαιτεί να οριοθετηθούν Ειδικές Ζώνες Διατήρησης (ΕΖΔ), παλαιότερα ονομαζόμενες Τόποι Κοινοτικής Σημασίας (ΤΚΣ), για οικοτόπους και είδη εκτός των πτηνών. Μαζί τα SPAs και τα SACs συγκροτούν το δίκτυο Natura 2000.
Επιπλέον, το δίκτυο Natura 2000 είναι η συνεισφορά της ΕΕ στο «δίκτυο Emerald» των Περιοχών Ειδικού Ενδιαφέροντος Προστασίας, που θεσπίστηκαν σύμφωνα με τη Σύμβαση της Βέρνης για τη διατήρηση της ευρωπαϊκής άγριας ζωής και των φυσικών ενδιαιτημάτων. Το δίκτυο Natura 2000 είναι επίσης σημαντική συνεισφορά στο Πρόγραμμα Εργασίας Προστατευόμενων Περιοχών της Σύμβασης για τη Βιολογική Ποικιλότητα.
Οι ΖΕΠ καθορίζονται από κάθε Κράτος-Μέλος της ΕΕ, ενώ οι ΕΖΔ ακολουθούν μια πιο περίπλοκη διαδικασία: κάθε Κράτος-Μέλος πρέπει να συντάξει έναν κατάλογο με τις σημαντικότερες περιοχές άγριας ζωής που περιλαμβάνουν τους οικοτόπους και τα είδη της Οδηγία των Οικοτόπων. Αυτός ο κατάλογος πρέπει στη συνέχεια να υποβληθεί στην Ευρωπαϊκή Επιτροπή, που μετά από μία διαδικασία αξιολόγησης και επιλογής σε ευρωπαϊκό επίπεδο καθορίζει ποιες περιοχές θα συμπεριληφθούν στο δίκτυο.
Το Natura 2000 είναι το μεγαλύτερο δίκτυο προστατευόμενων περιοχών στον κόσμο. Εκτείνεται σε 9 χερσαίες και 5 θαλάσσια βιογεωγραφικές ζώνες. Σήμερα το δίκτυο προστατεύει περισσότερες από 26.000 περιοχές στα 27 Κράτη-Μέλη, που καλύπτουν περίπου 80.000 km2 ή 18% της συνολικής έκτασης της Ένωσης. Οι θαλάσσιες περιοχές καλύπτουν σήμερα περίπου 217.000 km2. Αν και το δίκτυο μπορεί να θεωρηθεί σχεδόν ολοκληρωμένο στην ξηρά, ακόμα επεκτείνεται στο θαλάσσιο περιβάλλον. Επίσης απομένουν κάποια θέματα που πρέπει να λυθούν, όπως η ελλιπής συμμόρφωση ορισμένων Κρατών-Μελών, η ανεπαρκής χρηματοδότηση, καθώς και η αποτυχία επίτευξης των στόχων που είχαν τεθεί για την προστασία της βιοποικιλότητας μέχρι το 2010 και ολοκλήρωσης του καταλόγου των θαλάσσιων περιοχών μέχρι το 2012.
Στην Ελλάδα, η καταγραφή των περιοχών που πληρούν τα κριτήρια της Οδηγίας 92/43/ΕΟΚ διεξήχθη από μία ομάδα περίπου 100 επιστημόνων σε ένα έργο LIFE με τίτλο «Καταγραφή, Αναγνώριση, Αξιολόγηση και Χαρτογράφηση των Τύπων ΟΙκοτόπων και των Ειδών της Πανίδας και της Χλωρίδας στην Ελλάδα (Οδηγία 92/43/ΕΟΚ)», μεταξύ 1994-1996. Οι πρώτοι κατάλογοι λίστες ΤΚΣ και ΖΕΠ υποβλήθηκαν στην Ευρωπαϊκή Επιτροπή το 1996 και το 1997 αντίστοιχα. Η Οδηγία 92/43 ενσωματώθηκε στην ελληνική νομοθεσία από την υπουργική απόφαση 33318/3028/11-12-98(ΦΕΚ 1289/B/28-12-98). Η Οδηγία για τα Πτηνά 79/409/ΕΟΚ είχε ενσωματωθεί στην ελληνική νομοθεσία νωρίτερα με την υπουργική απόφαση 414985/29-11-85 (ΦΕΚ 757/B/18-12-85), όπως τροποποιήθηκε από τις υπουργικές αποφάσεις 366599/16-12-96 (ΦΕΚ 1188/B/3 -12-96) και 294283/23-12-97 (ΦΕΚ 68/B/4-2-98).
Ο παρών κατάλογος των ΕΖΔ έχει αναβαθμιστεί με την προσθήκη επιπλέον υποβολών ή τροποποιήσεων και Ο παρών κατάλογος ΖΕΠ με 6 επιπλέον υποβολές ή τροποποιήσεις. Σήμερα το δίκτυο Natura 2000 στην Ελλάδα περιλαμβάνει 419 περιοχές: 241 ΕΖΔ και 202 ΖΕΠ, ενώ 24 περιοχές έχουν διπλό χαρακτηρισμό ως ΕΖΔ και ΖΕΠ ταυτόχρονα. Η συνολική περιοχή κάλυψης ανέρχεται σε 4.200.000 εκτάρια, εκ των οποίων τα 2.800.000 εκτάρια είναι ΕΖΔ και τα 2.900.000 είναι ΖΕΠ. Είναι λοιπόν προφανές ότι υπάρχει σημαντική επικάλυψη μεταξύ των δύο κατηγοριών. Συνολικά, το δίκτυο καλύπτει το 27,2 % της χερσαίας και το 6,1% της θαλάσσιας εθνικής έκτασης. Αυτό αντιπροσωπεύει το 4,5% της συνολικής ευρωπαϊκής έκτασης του δικτύου και φέρνει την Ελλάδα στη δέκατη θέση ανάμεσα στα 27 Κράτη-Μέλη. Η μέση εθνική επιφανειακή κάλυψη στην Ευρώπη είναι 17,5%, επομένως η Ελλάδα (με 27,2%) είναι στην έκτη θέση ανάμεσα στα Κράτη-Μέλη, μετά τη Σλοβενία, τη Βουλγαρία, τη Σλοβακία, την Κύπρο και την Ισπανία. Η θαλάσσια κάλυψη είναι κάτω από τον ευρωπαϊκό μέσο όρο, αλλά ο κατάλογος με τις θαλάσσιες περιοχές δεν έχει ακόμα ολοκληρωθεί.
